เมื่อวันที่ ๑๕ ตุลาคม ๒๕๔๘ อธิการบดี ผศ.เฉลิม มัติโก ได้มีคำสั่งแต่งตั้ง นายกำจัด สุกุมลนันท์ อาจารย์ ๒ ระดับ ๗ เป็นผู้ประสานงานการเงินการคลัง ซึ่งในขณะนั้น มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลกรุงเทพ ยังมีการดำเนินงานในรูปแบบการเป็นวิทยาเขต ๓ วิทยาเขต คือ วิทยาเขตเทคนิคกรุงเทพ วิทยาเขตบพิตร พิมุขมหาเมฆ และวิทยาเขตพระนครใต้
ต่อมา เมื่อวันที่ ๑ ตุลาคม ๒๕๔๘ อธิการบดี ผศ.เฉลิม มัติโก ได้แต่งตั้ง นางยุพา เกิดอนันต์ อาจารย์ ๓ ระดับ ๘ เป็นหัวหน้ากลุ่มงานคลัง (ขณะนั้นดำรงตำแหน่งผู้ช่วยอธิการบดีอีกตำแหน่งหนึ่ง) มีข้าราชการ และเจ้าหน้าที่จากสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล (เทเวศร์) มาช่วยปฏิบัติงาน ด้านการเงินการคลัง
เมื่อวันที่ ๒๘ พฤศจิกายน ๒๕๔๙ อธิการบดี ผศ.เฉลิม มัติโก ได้แต่งตั้ง น.ส.วัจนา นิ่มเวชอารมย์ชื่น เจ้าหน้าที่ตรวจสอบภายใน (เทเวศร์) ให้ปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการ กองคลัง ในช่วงนี้ได้มีการรวม งานการเงินการบัญชีของ ๓ วิทยาเขต ข้างต้นเป็นหน่วยงานเดียว เรียกว่า กองคลัง ซึ่งยังเป็นหน่วยงานภายใน โดยมีนโยบายการบริหารจัดการแบบรวมศูนย์ และมีการแบ่งโครงสร้างภายในกอง เป็นฝ่ายต่างๆ ๖ ฝ่าย ได้แก่
๑. ฝ่ายบริหารทั่วไป มีนางจิดาภา เนตรทับทิม ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าฝ่าย
๒. ฝ่ายเบิกจ่าย มีนางเยาวลักษณ์ ประภารุ่งโรจน์ ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าฝ่าย
๓. ฝ่ายบัญชีและงบประมาณ มีนายอรุษ คงรุ่งโรจน์ ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าฝ่าย
๔. ฝ่ายการเงิน มีนางมนฤดี ช้างอยู่ ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าฝ่าย
๕. ฝ่ายพัสดุ มีนางอุษณีย์ วงศ์สวัสดิ์ ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าฝ่าย
๖. ฝ่ายบริหารสินทรัพย์ มีนางนงพงา ปิยะทัต ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าฝ่าย
เมื่อวันที่ ๒๖ ตุลาคม ๒๕๕๐ กระทรวงศึกษาธิการ ประกาศแบ่งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลกรุงเทพ โดยกำหนดโครงสร้างให้มีกองคลังเป็นหน่วยงานสนับสนุนในสังกัดสำนักงานอธิการบดี และประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่ม ๑๒๔ ตอนพิเศษ ๑๖๓ ลงวันที่ ๒๖ ตุลาคม ๒๕๕๐ กองคลัง จึงเป็นหน่วยงานที่ถูกต้องตามกฎหมายตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา                         เมื่อวันที่ ๒๗ ตุลาคม ๒๕๕๒ อธิการบดี นายสาธิต พุทธชัยยงค์ ได้แต่งตั้ง นางสาววัจนา นิ่มเวชอารมย์ชื่น ให้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการกองคลัง (ระดับ ๘) และยังคงมีรูปแบบการบริหารงานแบบรวมศูนย์ เนื่องจากบุคลากร สายสนับสนุนมีจำกัด ต่อมาประมาณต้นปีงบประมาณ ๒๕๕๓ มหาวิทยาลัยมีนโยบายให้ฝ่ายบริหารสินทรัพย์จัดตั้งเป็นหน่วยงาน และนำเสนอสภามหาวิทยาลัยพิจารณา โดยได้รับการอนุมัติให้เป็นโครงการจัดตั้งสำนักงานบริหารสินทรัพย์ ดังนั้น กองคลังจึงได้มีการปรับโครงสร้างภายในกองให้เหมาะสม การบริหารจัดการโดยกำหนดเป็นกลุ่มงานแทนฝ่าย ตามรายการต่อไปนี้
๑. กลุ่มงานบริหารทั่วไป มอบนางจิดาภา เนตรทับทิม เป็นหัวหน้า
๒. กลุ่มงานเบิกจ่าย ๑ มอบนางเยาวลักษณ์ ประภารุ่งโรจน์ เป็นหัวหน้า
๓. กลุ่มงานเบิกจ่าย ๒ มอบนางนงพงา ปิยะทัต เป็นหัวหน้า
๔. กลุ่มงานการเงิน มอบนางมนฤดี ช้างอยู่ เป็นหัวหน้า
๕. กลุ่มงานบัญชีและงบประมาณ มอบนางสาวอังคณา อินทแสง เป็นหัวหน้า
๖. กลุ่มงานพัสดุ มอบนางอุษณีย์ วงศ์สวัสดิ์ เป็นหัวหน้า
๗. กลุ่มงานจัดการทรัพย์สิน มอบนางสาริศา ชัยสงค์ เป็นหัวหน้า
ในปี พ.ศ.2555 มีการปรับเลี่ยนโครงสร้างใหม่ โดยกลุ่มงานจัดการสินทรัพย์ย้ายไปสังกัดกองกลางในชื่อหน่วยงานบริหารสินทรัพย์โดยกองคลังมีกลุ่มงาน 7 กลุ่มงานและหัวหน้างานดังนี้

๑. กลุ่มงานบริหารทั่วไป นางศิริพร  โตวัฒนา เป็นหัวหน้ากลุ่มงาน
๒. กลุ่มงานเบิกจ่าย ๑ นางสาริศา  ชัยสงค์ เป็นหัวหน้ากลุ่มงาน
๓. กลุ่มงานเบิกจ่าย ๒ นางสาวปราณีต  ไม้สูงเนิน เป็นหัวหน้ากลุ่มงาน
๔. กลุ่มงานการเงิน นางมนฤดี ช้างอยู่ เป็นหัวหน้ากลุ่มงาน
๕. กลุ่มงานบัญชี มี นางสาวอังคณา อินทแสง เป็นหัวหน้ากลุ่มงาน
๖. กลุ่มงานงบประมาณ มี นางสาวรุ่งอรุณ  แพ่งเกษม เป็นหัวหน้ากลุ่มงาน
๗. กลุ่มงานพัสดุ มี นางสาวดาวเรือง  ต๊กควรเฮง เป็นหัวหน้ากลุ่มงาน